Tuotannon kaikissa vaiheissa on huolehdittava siitä, että rehut suojataan mahdollisilta saastumista ja pilaantumista aiheuttavilta tekijöiltä. Saastumista ja pilaantumista voivat aiheuttaa esimerkiksi
- maaperästä tai vedestä lähtöisin oleva mikrobiologinen taudinaiheuttaja,
- lannoitteiden ja kasvinsuojeluaineiden jäämät,
- jätteiden vääränlainen käsittely ja hävittäminen,
- tuhoeläimet ja
- lintujen ulosteet.
Myös eläinten kuivikkeet tulee suojata saastumiselta, koska eläimet saattavat niitä syödä, vaikka ne eivät rehua olekaan. Rehut ja kuivikkeet on vaihdettava riittävän usein ja huolehdittava, etteivät ne pääse pilaantumaan. Rehuista otettujen rehuturvallisuuden kannalta merkittävien näytteiden tulokset on huomioitava toiminnassa.
Rehujen valmistuksessa, käsittelyssä, pakkaamisessa, varastoinnissa, kuljetuksessa ja ruokinnassa käytettävät tilat, laitteet, säiliöt ja kuljetusvälineet on puhdistettava säännöllisesti ja tarpeen mukaan desinfioitava puhdistuksen jälkeen. Myös eläinten juottolaitteet on puhdistettava säännöllisesti. Eläinten juomaveden sekä laitteiden ja välineiden puhdistamiseen käytetyn veden on oltava puhdasta. Lannan levityksen ja rehun korjuun tai laiduntamisen välillä on oltava riittävä aika, jotta lanta ei saastuta rehua. Eläinperäistä lannoitevalmistetta, kuten liha/luujauhoa ja lantaa tai muuta orgaanista lannoitetta, käytettäessä tulee noudattaa vähintään 21 vuorokauden varoaikaa lannoitevalmisteen levityksen ja rehun korjuun tai laiduntamisen välillä. Laidunruokinnassa ja rehun korjuussa on myös huomioitava kasvinsuojeluaineille asetetut varoajat.
Maatilalla käytettävän rehun jakelujärjestelmän on taattava, että eläimet saavat vain niille tarkoitettua rehua. Erityisesti esimerkiksi lääkerehun valmistuksen, käsittelyn ja käytön jälkeen ajoneuvot, rehun käsittely- ja ruokintalaitteistot tulee puhdistaa, jotta vältetään seuraavan rehuerän saastuminen. Puhdistus- ja desinfiointikemikaaleja tulee käyttää käyttöohjeiden mukaan. Myös muita biosideja eli haitallisten eliöiden torjunta-aineita, lannoitteita ja kasvinsuojeluaineita tulee varastoida, käsitellä ja käyttää valmistajan antamien ohjeiden mukaisesti. Niiden sekä vaarallisten aineiden, kylvösiemenen ja jätteiden käsittelyn ja varastoinnin on tapahduttava rehuista ja eläinten pitopaikoista erillään. Eri eläinryhmille ja -lajeille tarkoitetut rehut ja lääkerehut on varastoitava siten, että estetään niiden joutuminen sellaiselle eläimelle, joille niitä ei ole tarkoitettu. Eläinten ruokinnasta vastaavalla henkilöllä on oltava tehtävässään tarvittavat taidot ja tiedot.