Maaseutulinja
Elintarvikeketjulinja
Laboratorio- ja tutkimuslinja
Pääjohtajan esikunta
Pääjohtajaa avustaa viraston strategisessa johtamisessa strateginen johtoryhmä, johon kuuluvat hänen lisäkseen linjojen ylijohtajat, hallintojohtaja, tietohallintojohtaja, tutkimusjohtaja, asiakkuus- ja viestintäjohtajat sekä henkilöstöjohtaja.
Ruokavirastolla on operatiivinen johtoryhmä, jonka puheenjohtajana toimii hallintojohtaja, sekä kehityksen ja digitalisaation johtoryhmä.
Ruokaviraston sisäisen tarkastuksen tehtävänä on selvittää Ruokaviraston johdolle sisäisen valvonnan ja riskienhallinnan asianmukaisuutta ja riittävyyttä sekä suorittaa tarkastustehtäviä.