Mikrobiologisessa riskinarvioinnissa pyritään selvittämään elintarvikkeiden välityksellä leviävien biologisten tekijöiden kuten bakteerien, virusten tai alkueläinten kuluttajalle aiheuttaman terveydellisen haitan todennäköisyyttä ja vakavuutta. Samalla arvioidaan usein myös niiden leviämiseen ja esiintymiseen vaikuttavien riskitekijöiden ja leviämisreittien merkitystä riskin suuruudelle sekä eri riskinhallintakeinojen vaikutusta riskiin.
Riskinarviointi käsittelee riskin muodostumista koko elintarviketuotantoketjun laajuudella raaka-aineiden tuottamisesta kuluttajan altistumiseen asti. Usein kuitenkin arviointi kohdistuu vain tiettyyn, esim. päätöksenteon kannalta tärkeään osaan ketjua.
Mikrobiologiset riskinarvioinnit tehdään usein joko arvioimalla jonkin tietyn biologisen vaaran aiheuttama riskin suuruus tietyssä elintarvikkeessa tai elintarvikeryhmässä. Arviointeja voidaan tehdä myös laajempina kokonaisuuksina siten, että arvioidaan kohteena olevan tietyn biologisen vaaran aiheuttamaa riskin suuruutta, jolle kuluttaja altistuu eri lähteistä. Riskinarvioinnin lähtökohtana voi olla myös tietyssä elintarvikkeessa tai elintarvikeryhmässä mahdollisesti olevien useiden biologisten vaarojen aiheuttama riski kuluttajalle.
Riskinarvioinneista saatavan tiedon avulla voidaan luoda, tutkia ja kehittää seuranta- ja valvontajärjestelmiä ja menettelytapoja riskin vähentämiseksi. Kattaviin tutkimuksiin perustuvien riskinarviointitulosten perusteella voidaan osoittaa ja asettaa tärkeysjärjestykseen muun muassa tuotantoketjun tasot ja kohdat, jotka ovat merkittävimmät riskin muodostumiselle ja joihin kohdistuva riskinhallinta vähentää tehokkaimmin kuluttajariskiä. Lisäksi samoilla periaatteilla tehtyjen riskinarviointien avulla voidaan verrata ja arvottaa eri riskejä ja riskinaiheuttajia keskenään. Tulosten perusteella voidaan arvioida myös eri elintarvikkeiden merkitystä kokonaisriskille.
Riskiperusteisen, kokonaisvaltaisen valvonnan ja omavalvonnan kehittämiseksi tarvitaan riskinarviointeja, joiden avulla voidaan asettaa mitattavia välitavoitteita, kuten esimerkiksi raja-arvoja, yhteisesti hyväksyttyjen elintarviketurvallisuutta koskevien päämäärien saavuttamiseksi. Alueelliset, riskin kehittymiseen vaikuttavat tuotannolliset, ympäristöstä johtuvat ja demografiset erot saattavat olla hyvin suuria Euroopan rajojen sisälläkin, minkä vuoksi kansallisten riskinarviointien merkitys on tärkeä tulevaisuudessakin.
Riskinarviointimenetelmiä ja matemaattisia malleja on kehitetty ja kehitetään myös kansainvälisessä yhteistyössä ja niitä julkaistaan tuloksineen tieteellisissä vertaisarvioiduissa julkaisuissa. Valmistuneita menetelmiä ja malleja voidaan hyödyntää uusissa riskinarvioinneissa mikäli niihin sisältyy samankaltaisia rakenteita ja tietoja. Riskinarviointimenetelmiä pyritään näin kehittämään ennakoivasti ja riittävän yleispäteviksi ja sovellettaviksi tuleviakin tarpeita varten.