CE-merkityille lannoitevalmisteille asetetuilla laatuvaatimuksilla varmistetaan, että lannoitevalmisteiden käytöstä ei aiheudu ihmisten, eläinten ja kasvien terveydelle, turvallisuudelle tai ympäristölle haitallisia vaikutuksia. Tuoteluokittain (PCF) on säädetty haitallisten aineiden enimmäispitoisuuksista ja hygieniavaatimuksista. Haitallisten metallien enimmäispitoisuuksia koskevat raja-arvot on annettu epäorgaanisille ja orgaanisille lannoitteille, kalkitusaineille, maanparannusaineille, kasvualustoille ja kasvibiostimulanteille. Orgaanisia raaka-aineita sisältävien lannoitevalmisteiden lisäksi on mikrobiologisia laatuvaatimuksia myös epäorgaanisille lannoitevalmisteille.
Haitallisista metalleista on raja-arvot kadmiumille, kromille, arseenille, elohopealle, nikkelille, lyijylle, kuparille ja sinkille. Kromin raja-arvo koskee kuudenarvoista kromiyhdistettä (Cr VI) ja orgaanisten lannoitteiden arseeni pitoisuus epäorgaanista arseenia. Suomelle myönnetty SEUT -sopimuksen mukainen poikkeus rajoittaa fosforilannoitteiden kadmiumpitoisuutta ihmisten terveyden ja ympäristön suojeluun liittyvin perustein säilyy. Fosforilannoitteiden kadmiumpitoisuus saa olla enimmillään 23 mg Cd/kg P2O5 (50 mg fosforikiloa kohden), kun se ilman poikkeusta on 60 mg Cd /kg P2O5.
Orgaanisten haitta-aineiden enimmäispitoisuuksista on säädetty PAH16 – ja dioksiiniyhdisteiden osalta. PAH16 -yhdisteiden raja-arvot koskevat ainesosaluokista kompostia (CMC) 3, mädätysjäännöstä (CMC) 4 ja (CMC) 5, struviittia (CMC) 12, tuhkaa (CMC) 13 ja biohiiltä (CMC) 14. Lisäksi tuhkaa ja biohiiltä koskevat dioksiiniyhdisteille annetut raja-arvot.