Tarttuvien eläintautien riskinarvioinnissa voidaan arvioida eläintautia aiheuttavan tekijän maahantuloon ja maassa leviämiseen liittyvää riskiä. Arviointityössä noudatetaan soveltuvin osin Maailman eläintautijärjestön (WOAH, World Organization for Animal Health) riskinarviointiohjeita (OIE Terrestrial Animal Health Code, OIE Aquatic Animal Health Code).
Tarttuvia eläintauteja koskevassa riskinarvioinnissa arvioidaan vaaran luonne: taudin aiheuttajan ominaisuudet, taudin leviämistavat, tartuntatiet ja riskille alttiit eläimet ja tuotantomuodot.
Riskinarvioinnissa arvioidaan maahantulon ja/tai maassa leviämisen todennäköisyys ja sen kohdistuminen (esimerkiksi alueellisesti tai eri tuotantomuotojen osalta). Maassa leviämisen arvioinnissa selvitetään lisäksi tautipurkausten lukumäärää ja usein myös epidemian välillisiä ja välittömiä talousvaikutuksia. Tällöin arviointia voidaan tehdä yhteistyössä Luonnonvarakeskuksen (Luke) kanssa.
Riskinarvioinnissa voidaan myös arvioida erilaisten riskiin vaikuttavien ennaltaehkäisevien tai, riskin toteutuessa, sen vaikutusten hillitsemiseksi tarjolla olevien keinojen tehoa ja kustannustehokkuutta. Tällaisia keinoja ovat muun muasssa tautisuojaus, logistiset järjestelyt, rokotukset ja muut EU-lainsäädännön mahdollistamat taudin leviämistä hillitsevät keinot.
Tarttuvia eläintautien riskinarviointia tehdään lähinnä tuotantoeläimiä (sika, nauta, siipikarja, lammas, vuohi, kasvatetut kalat) koskevilla taudeilla, mutta myös riista- ja kalataloutta käsittelevät riskinarvioinnit ovat mahdollisia.