Elintarvikkeiden hygieeninen käsittely ja raaka-aineiden laatu vaikuttavat elintarvikkeiden mikrobiologiseen turvallisuuteen. Elintarvikkeiden turvallisuutta ja laatua varmistetaan ottamalla näytteitä ja selvittämällä elintarvikkeiden turvallinen säilyvyysaika niin, että ne eivät pilaannu tai aiheuta ruokamyrkytyksiä ennen parasta ennen tai viimeistä käyttöpäivää.
Elintarvikkeiden näytteenotosta säädetään komission asetuksessa (EY) 2073/2005 elintarvikkeiden mikrobiologisista vaatimuksista eli niin kutsutussa mikrobikriteeriasetuksessa. Asetus on suunnattu toimijoille ja sen mukaan elintarvikealan toimijoiden on varmistettava, että elintarvikkeet täyttävät asetuksen vaatimukset. Vaikka asetuksen mikrobiologiset vaatimukset on suunnattu pääsääntöisesti käytettäväksi omavalvonnassa, vaatimuksia sovelletaan myös viranomaisvalvonnan näytteisiin todentamaan, että toimijoille asetetut vaatimukset täyttyvät. Näytteenotto ja näytteiden analysointi ovat kuitenkin vain yksi keino muiden valvontakeinojen joukossa, jolla voidaan varmistaa säädösten vaatimusten täyttyminen.
Elintarvikkeen turvallisuutta koskevia vaatimuksia sovelletaan tuotteisiin koko elintarvikkeen myyntiajan. Tällaisia vaatimuksia ovat esimerkiksi listeria ja salmonella. Sen sijaan prosessin hygieniaa koskevia vaatimuksia sovelletaan ainoastaan valmistusprosessin aikana, ja niiden tarkoitus on kertoa työskentelyhygienian toimivuudesta ja raaka-aineiden laadusta. Tulosten perusteella voidaan parantaa työskentelyhygieniaa ja esimerkiksi siivousta.
Euroopan parlamentin ja neuvoston asetuksen (EY) 178/2002 elintarvikelainsäädäntöä koskevista yleisistä periaatteista ja vaatimuksista, Euroopan elintarviketurvallisuusviranomaisen perustamisesta sekä elintarvikkeiden turvallisuuteen liittyvistä menettelyistä artiklan 14 mukaan markkinoille ei saa saattaa elintarvikkeita, jotka eivät ole turvallisia. Sen vuoksi elintarvikealan yrittäjän on joskus poistettava markkinoilta ruokamyrkytysbakteereilla saastuneita elintarvikkeita, vaikka lainsäädännössä ei olisikaan asetettu mikrobiologisia vaatimuksia kyseiselle elintarvikkeelle tai taudinaiheuttajalle.
Ruokaviraston ohje Elintarvikkeiden mikrobiologiset vaatimukset, komission asetuksen (EY) No 2073/2005 soveltaminen on suunnattu elintarvikealan toimijoille ja sen liitteissä on näytteenotto-ohjeet eri toimialoille liha-alasta ravintoloihin. Ohje soveltuu myös elintarvikevalvontaviranomaisille, jotka valvovat mikrobikriteeriasetuksen noudattamista.
Ruokaviraston ohje Elintarvikkeiden mikrobiologinen näytteenotto ja analyysit on suunnattu elintarvikevalvontaviranomaisille selventämään, kuinka yhteisölainsäädännössä asetettuja elintarvikkeiden mikrobiologisia vaatimuksia sovelletaan viranomaisvalvonnassa. On erittäin suositeltavaa, että valvontaviranomaisten näytteenotto toteutetaan hyvin suunniteltuina projekteina, jotta saadaan oikeaa tietoa elintarvikevälitteisistä vaaroista elintarvikeketjussa. Projektit voivat olla joko seuranta- tai valvontatutkimuksia. Viranomaisprojekteiksi suositellaan erityisesti patogeenien tutkimista elintarvikkeista ja tuotantoympäristöstä ja -laitteista.